В 2013-2014 гг. в СПбНИИВС произведена полная модернизация производственного участка по выпуску вакцин для профилактики гриппа.
В феврале 2016 года, впервые в РФ, СПбНИИВС получен сертификат GMP на участок производства гриппозных вакцин и РУ за рубежом (Регистрационное Удостоверение) на вакцину собственного производства.
В апреле 2019 году в Никарагуа запущено коммерческое производство гриппозной вакцины на совместном российско-никарагуанском предприятии Латиноамериканский институт биотехнологии Мечников, проекте, реализованном СПбНИИВС в соответствии с поручением Президента России В.В. Путина от 18.09.2014 №ПР-2212 и распоряжением Правительства Российской Федерации от 03.11.2015 №2231-Р.
В 2020 году начата реализация нескольких инвестиционных проектов по модернизации производства СПбНИИВС: создание нового цеха готовых лекарственных средств, нового цеха рекомбинантных препаратов, цеха коньюгированных вакцин.
В 2021 году произведена реструктуризация цеха гриппозных препаратов в иммунобиологический комплекс.
В рамках года науки и технологии введен в эксплуатацию «Цех рекомбинантных препаратов», предназначенный для производства современных вакцин и иммунобиологических препаратов разработанных на рекомбинантной платформе, в частности, вакцины для профилактики коронавирусной инфекции «Конвасэл»®.
В 2022 году запущен цех готовых лекарственных форм.
В 2023-2025гг планируется создание и запуск цеха конъюгированных вакцин.